Müəssisələrə göstərilən xidmətlərin keyfiyyətinin artırılması və sürətləndirilməsi məqsədi ilə inzibati statusunu və mərkəzdən uzaq məsafədə olduğunu nəzərə alaraq Naxçıvan Muxtar Respublikasında Milli Depozit Mərkəzinin filialının yaradılması məqsədəuyğun hesab edilmişdir.

MDM-in  Naxçıvan  filialı  (“Filial”) Azərbaycan  Respublikası  Prezidentinin 22 sentyabr 2005-ci il tarixli 1018 nömrəli “Azərbaycan Respublikasının Qiymətli Kağızlar üzrə Dövlət Komitəsinin fəaliyyətinin Naxçıvan Muxtar Respublikasında təşkil edilməsi haqqında” Sərəncamına əsasən təsis edilmişdir. Filialın Əsasnaməsi Azərbaycan Respublikasının Qiymətli Kağızlar üzrə Dövlət Komitəsi tərəfindən 01 mart 2006-cı il tarixində təsdiq edilmişdir. Filial 2006-ci ildən fəaliyyətə başlamışdır.