Milli Depozit Mərkəzi Qapalı Səhmdar Cəmiyyətinin Səhmdarlarının Ümumi Yığıncağı və Müşahidə Şurasının birgə iclasının 12 iyun 2009-cu il tarixli qərarı ilə Milli Depozit Mərkəzinin yeni təşkilati strukturu təsdiq edilmışdir. Müvafiq dəyişikliyin nəticəsi kimi, qiymətli kağızlar bazarının infrastruktur tələblərinə və korporativ İdarəetmə prinsiplərinə uyğun olaraq Milli Depozit Mərkəzində yeni struktur bölmələri yaradılmış və ikipilləli idarəetmə sistemi tətbiq edilmışdir. Belə ki, yeni struktura əsasən, İdarə Heyətinin sədrinin ümumi rəhbərliyi ilə yanaşı, struktur bölmələrinin işinə nəzarət İdarə Heyəti sədrinin iki müavini tərəfindən həyata keçirilir.

Müştərilərimizə göstərilən xidmətlərin keyfiyyətinin yüksəldilməsi və daha da sürətləndirilməsi məqsədilə Milli Depozit Mərkəzinin fəaliyyət strukturu əsas istiqamətlər üzrə iki hissəyə bölünmüşdür: Müştəri xidmətləri Departamenti və Əməliyyat Departamenti.

Müştəri xidmətləri Departamenti – Front Office bilavasitə müştərilərə xidmət göstərərək ilkin sənədlərin işlənilməsi üzrə fəaliyyəti həyata keçirir.

Əməliyyat Departamenti – Back Office fəaliyyətin arxa planını əks etdirir və məlumat bazasına daxil edilən məlumatların yoxlanılması və təsdiqlənməsi, həmçinin fəaliyyət hesabatlarının hazırlanmasını gerçəkləşdirir.