Milli Depozit Mərkəzinin icra orqanı İdarə Heyətidir. İdarə Heyəti 3 nəfərdən ibarət olmaqla İdarə Heyətinin sədri, İdarə Heyətinin sədrinin müavini və İdarə Heyətinin üzvü tərkib hissələrindən formalaşır.

İdarə Heyətinin sədri - Əliyev Araz İsmayıl oğlu 

İdarə Heyətinin sədrinin müavini - Əhmədli Müşfiq Razik oğlu

İdarə Heyətinin üzvü - Qaralova Leyla Xıdırnəbi qızı